مرجع رسیدگی به کلیه اختلاف‌های مالیاتی جز در مواردی که ضمن مقررات این قانون مرجع دیگری پیش‌بینی شده. هیات حل اختلاف مالیاتی است. هر هیات حل اختلاف مالیاتی از سه نفر به شرح زیر تشکیل خواهد شد:
1- یک نفر نماینده سازمان امور مالیاتی کشور.
2- یک نفر قاضی اعم از شاغل یا بازنشسته. در صورتی که قاضی بازنشسته واجد شرایطی در شهرستان‌ها یا مراکز استان‌ها وجود نداشته باشد بنا به درخواست سازمان امور مالیاتی کشور. رئیس قوه قضاییه یک نفر قاضی شاغل را برای عضویت هیات معرفی خواهد نمود.
3- یک نفر نماینده از اتاق بازرگانی و صنایع و معادن(1) جمهوری اسلامی ایران یا اتاق تعاون یا جامعه حسابداران رسمی(2) ایران یا مجامع حرفه‌ای یا تشکل‌های صنفی یا شورای اسلامی شهر به انتخاب مودی در صورتی که برگ تشخیص مالیات ابلاغ قانونی شده باشد و یا هم‌زمان با تسلیم اعتراض به برگ تشخیص درمهلت قانونی مودی انتخاب خود را اعلام ننماید سازمان امور مالیاتی با توجه به نوع فعالیت مودی یا موضوع مالیات مورد رسیدگی از بین نمایندگان مزبور یک نفر را انتخاب خواهد کرد.
تبصره 1- جلسات هیات‌های حل اختلاف مالیاتی با حضور سه نفر رسمی است و رای هیات‌های مزبور با اکثریت آراء قطعی و لازم‌الاجرا است. ولی نظر اقلیت باید در متن رای قید گردد.
تبصره 2- اداره امور هیات‌های حل اختلاف مالیاتی و مسئولیت تشکیل جلسات هیات‌ها به عهده سازمان امور مالیاتی کشور می‌باشد و حق‌الزحمه اعضای هیات‌های حل اختلاف بر اساس آیین‌نامه‌ای که بنا به پیشنهاد سازمان امور مالیاتی کشور به تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی خواهد رسید از محل اعتباری که به همین منظور در بودجه سازمان مذکور پیش‌بینی می‌شود قابل پرداخت خواهد بود.
-------------------------
سیرتحول قانون مالیاتهای مستقیم مربوط به ماده 244:
*** به موجب ماده (107) قانون اصلاح موادی از قانون مالیاتهای مستقیم. مصوب 27 بهمن ماه 1380 متن این ما ده و تبصره‌های آن جایگزین متن قبلی ماده (244) و تبصره‌های آن شده است.
** قانون اصلاح موادی از قانون مالیاتهای مستقیم ... (مصوب 7 اردیبهشت ماه 1371 مجلس شورای اسلامی) (تاریخ اجرا از اول سال 1371) ماده 57- متن زیر به آخر بند 2 ماده 224 اضافه می‌شود: در صورتی که ظرف یک ماه از تاریخ درخواست وزارت امور اقتصادی و دارایی. قاضی مورد نظر معرفی نشود وزارت مذکور می‌تواند از وجود قضات بازنشسته استفاده نماید. در شهرستان‌ها به استثنای تهران که استفاده از وجود قاضی بازنشسته مقدور نباشد. یک نفر بصیر و مطلع در امور حقوقی از سوی قوه قضاییه انتخاب خواهد شد.
* قانون مالیاتهای مستقیم. مصوب سوم اسفند ماه یک هزار و سیصد و شصت و شش مجلس شورای اسلامی (تاریخ اجرا از اول سال 1368) ماده 244- مرجع رسیدگی به کلیه اختلافات مالیاتی جز در مواردی که ضمن مقررات این قانون مرجع دیگری پیش‌بینی شده هیات حل اختلاف مالیاتی است. هر هیات حل اختلاف مالیاتی از سه نفر به شرح زیر تشکیل خواهد شد:
1- یک نفر نماینده وزارت امور اقتصادی و دارایی.
2- یک نفر قاضی اعم از شاغل یا بازنشسته در تهران به انتخاب و معرفی شورای عالی قضایی و در شهرستان‌ها به انتخاب رئیس دادگستری یا دادگاه محل.
3- نماینده نظام پزشکی در مورد درآمد مربوط به امور پزشکی. نماینده کانون وکلا در مورد درآمد حاصل و از وکالت و مشاوره حقوقی. نماینده شورای مرکزی اصناف محل در مورد اصناف. نماینده کانون سردفتران در مورد صاحبان دفاتر اسناد رسمی. نماینده اطاق بازرگانی و صنایع و معادن ایران برای انواع درآمدهای دیگر و در نقاطی که مراجع مزبور تشکیل نشده است یکی از معتمدین محل که به امور مالیاتی رشته مخصوص به هر نوع فعالیت. بصیر و مطلع باشد به انتخاب فرماندار محل.
تبصره 1- رای هیات حل اختلاف مالیاتی به اکثریت قطعی است و نظر اقلیت باید در متن رای قید گردد و در صورتی که عضو موضوع بند 3 این ماده معرفی نشود و یا با اطلاع از تشکیل جلسه هیات غیبت نماید هیات با حضور دو عضو دیگر به پرونده رسیدگی و رای صادر خواهد کرد. در صورت اختلاف رای بین دو عضو نامبرده پرونده به هیات حل اختلاف مالیاتی دیگری ارجاع می‌شود و در هر حال رای صادره قطعی است.
تبصره 2- وزارت امور اقتصادی و دارایی می‌تواند رسیدگی به پرونده مالیاتی را به هیات حل اختلاف مالیاتی شهرستانی که محل فعالیت عمده مودی در آنجا می‌باشد ارجاع نماید.
تبصره 3- در مورد اختلاف مالیاتی مربوط به فصول اول و دوم و سوم از باب دوم و فصل اول و از باب سوم این قانون نماینده وزارت مسکن و شهرسازی در تهران و ادارات کل مسکن و شهرسازی در شهرستان‌ها و همچنین در مورد اختلاف مالیاتی مربوط به درآمد کشاورزی نماینده وزارت کشاورزی و عمران روستایی در تهران و نماینده اداره کل کشاورزی و عمران روستایی در شهرستان‌ها به جای نماینده موضوع بند 3این ماده در هیات‌های حل اختلاف مالیاتی شرکت خواهد کرد و در نقاطی که ادارات کل مسکن و شهرسازی وجود نداشته باشد به جای نماینده مزبور. نماینده‌ای از طرف فرماندار انتخاب معرفی خواهد شد.
-------------------------
(1) - (منبع: مجموعه قوانین مالیاتهای مستقیم- تدوین احمد غفارزاده.علی لطفی) به موجب قانون اتاق بازرگانی و صنایع و معادن جمهوری اسلامی ایران مصوب 15/11/1369 مجلس شورای اسلامی. «اتاق بازرگانی و صنایع و معادن» به «اتاق بازرگانی و صنایع و معادن جمهوری اسلامی ایران» اصلاح شده است.
(2) - (منبع: مجموعه قوانین مالیاتهای مستقیم- تدوین احمد غفارزاده.علی لطفی) به موجب قانون استفاده از خدمات تخصصی و حرفه ای حسابداران ذیصلاح به عنوان حسابدار رسمی. عنوان «جامعه حسابداران رسمی» به «جامعه حسابداران رسمی ایران» اصلاح شده است.